Župa Čilipi jedna je mlađih župa u Konavlima, utemeljena 1731., u doba dubrovačkog nadbiskupa franjevca Anđela Frankinija, no zaživjela je nekoliko godina kasnije.1746.godine područje župe odvaja se od dijela župe Cavtat, te naselja Vignji iz župe Pridvorje. Župa obuhvaća sela: Čilipi, Močići, Vignji Komaji s južne strane konavoskog polja, te naselja Gabrile, Uskoplje i dio Zvekovice sa sjeverne strane. U početku se navodi da je župa osnovana radi velikog broja duša, te se sela Močići i Gabrili nazivaju kapelanijama. No, nije poznato da je ikada imenovan koji kapelan za ovu kapelaniju, te naziv kapelanija nestaje.
U središtu Čilipa, na mjestu sadašnje župne crkve nalazila se starija crkva Svetog Antuna s tri oltara i velikim potrijemkom. Projekt za izgradnju nove župne crkve 1840. godine izradio je arhitekt Boriani u Dubrovniku. Od crkvene opreme stare Crkve sv. Antuna sačuvan. Zasigurno je zanimljivij renesansni kameni reljef Uskrsnuća iz XVI. st., uzidan u južni crkveni brod. Iz druge polovice XVII. stoljeća. sačuvana je kvalitetno oblikovana pokaznica, rad dubrovačkog zlatara Ivana Vučićevića.
Izgradnja novog župnog dvora 1836. godine prethodila je gradnji nove župne crkve. Stara župna crkva od samog početka nastanka nove župe nije zadovoljavala potrebe pučanstva koje je tijekom vremena naraslo na 2200 stanovnika. U dokumentima pohranjenom u arhivu Okružja Dubrovnik nalazi se nacrt na kartonu, izveden tankim perom i višebojnim tušem, s nadnevkom „Dubrovnik, 4. lipnja 1840.“ Prema njemu se vidi se na mjestu sadašnje crkve bila projektirana crkva većih dimenzija od kapaciteta 1600 vjernika. Crkva, međutim nije izgrađena prema prvotnim nacrtima zbog nedostatka novca, već je projekt znatno pojednostavljen, manjih dimenzija sačuvanih do danas. Nova crkva je dovršena je 1853. i bila je jedna od najvećih u biskupiji veličine 35 x 23 metra. , a posvećena od dubrovačkog biskupa Vicka Zubranovića 23. lipnja 1858. godine. Prvi župnik bio je Nikola Zaneti.
Za izgradnju crkve u Čilipima gotovo cjelokupan građevinski materijal, kamen, izvađen je i obrađen u kamenolomima koji su gotovo na samoj morskoj obali južno od mjesta udaljenima oko 2 - 3 km. Iako nije dokumentirano, govori se da je ukupan kamen za izgradnju prebačen ručno do mjesta gradnje na način da su mještani napravili „lanac“ do kamenoloma dodavajući kamen po kamen, iz ruke u ruku.
Dvadesetak godina nakon izgradnje crkve, točnije 17.8.1874. kupljeno je novo zvono i doneseno u Čilipe. Dubrovački slikar, franjevac, Celestin Medović naslikao je sliku Konavljanin u poklonstvenom stavu pred sv. Vlahom koja je postavljena 25.9.1887. na oltaru sa sjeverne strane crkve. Sliku je darovala gđa. Golubović r. Obradović nastanjena u Jeruzalemu. Slika je u Dom. ratu zapaljena a repliku je načinio prema predhodnih godina objavljenom 12 kalendaru, ak. sl. Zvonimir Fezotić. Izradu slike je platilo Bratstvo sv. Antuna. U Dominikanaca u Dubrovniku 1888. godine kupljen je veliki kameni oltar Sv. Nikole, a 1891. postavljen je novi „organ“ kupljen u Cavtatu. Pred kraj 19. stoljeća, tj. 1898. dovršena je dogradnja zvonika na koji su stavljena zvona kupljena u Jakova Cukrova u Splitu.
Početak 20. stoljeća, 1904. I 1905. Temeljito je opremljena župna kuća, a 29.3.1908. blagoslovljen je kip Gospe Lurdske, dar Pera Skurića Antunova. Tijekom iste godine popravljena je crkva, a mise su za to vrijeme služene u crkvi Nuncijati koja je najbliža Župnoj crkvi sv. Nikole. Nakon popravka crkve, 1909. godine Franjo Ferenza, samouki slikar iz Trpnja i Antun Kapor iz Korčule oslikali su svetište crkve. Figurativni prikaz Boga Oca s anđelima iznad glavnog oltara rađen je prema Murillovoj slici Sv. Obitelji. Isti Franjo Ferenza 1910. godine popravlja središnju oltarnu sliku Sv. Nikole, manje poznata umjetnika Nika Nandeli, a slikanu načinom vrlo bliskom Celestinu Medoviću. Iste godine Antun Kapor popravio je oltar Gospe od Milosrđa (glavni oltar južnog broda crkve). Oltar sv. Josipa je gotovo uništen u manjem požaru 2005. godine, kojeg je nakon toga popravio aka. slikar. Luko Piplica.
Pošto su zvona crkve rekvivirana u Prvom svjetskom ratu, 15.4.1922. blagoslovljena su nova zvona, a 1926. Popravljen je krov na matičnoj crkvi. Jedna od brojnih spomen ploča kralju Tomislavu kojih ima diljem Hrvatske, postavljena ja zvonik 1927. godine. Od firme Arturo Troso iz Lecce – Italia 1939. godine nabavljeni su kipovi Sv. Nikole i Sv. Obitelji, a kipove Sv. Petra Apostola i Sv. Ivana Krstitelja koji stoje uz glavni oltar darovali su Pepo Krilanović i sin mu Ivo. 1940. godine još jednom je popravljena matična crkva, a 1963.
Uz sjeverozapadni dio crkve 1898. godine izgrađen je zvonik visok 31 metar sa dva zvona. Godine rekonstruirana su zvona kod majstora Lenertića u Rijeci, a 1995. Potpuno su obnovljena s postavljenjem električnog mehanizma zvonjenja. Zvonik je temeljito obnovljen 2010. Godine, a uz župnu kuću nadograđen je kameni glorijet. Nosi zid oko dvorišta i vrtova a zapadni betonski prema KUD-u s unutarnje i vanje strane obložen kamenom kao i garaža.
Istočno od župne crkve (1 km) nalazi se groblje za mjesto Čilipi u sklopu kapele Sv. Nedjelje. Svojom veličinom je najveće u Konavlima, a spada u najveća groblja na prostoru Biskupije dubrovačke. Groblje je obnovljeno i prošireno 1902. godine. Grobišta imaju i sela Komaji, Močići, Uskoplje, a u Gabrilima su čak dva, uz Crkvu sv. Dimitrija i uz Crkvu sv. Martina, gdje su i grobovi mještana Drvenika, sela iz Pridvorske župe. Dva starija grobišta, Sv. Ivan u Čilipima i Sv. Petar na Zvekovici danas su izvan uporabe.
Kroz svoju povijest crkva je više puta obnavljana, a najveća je bila nakon Domovinskog rata 1991. godine kada je obnovljena spaljena sakristija, prezbiterij s novim liturgijskim oltarom, a 2000. godine napravljene su nove klupe u crkvi s dvije ispovjedaonice.
Župna kuća koja se nalazi neposredno u crkvu sagrađena je 1836. godine, ali 1991. je u potpunosti uništena i na mjestu iste 1993. podignuta je nova moderna župna kuća.
Na području župe ima desetak što manjih, što većih kapelica.